是，只为游戏而设定的华丽的原创机体开始一一活跃于我们面前：塞巴斯塔，古兰森，瓦尔希昂........阪田雅彦为游戏精心打造的剧本又使得这部作品锦上添花。总之，无论是从剧本的伏笔还是玩家的称赞来看，一个更广阔的世界逐渐呈现在我们面前。

在广阔无垠的宇宙中，一直被认为存在着智能生物……
天才科学家比安博士，则根据他的研究，证明了‘有强大的外宇宙敌人会以地球为目标展开攻势’这个推论。比安博士认为，为了对抗未知的敌人，守护地球的和平，只有超越国家的界限，将所有的力量聚集到一起才有可能退敌。于是，他建立了庞大的军事组织‘DC’。有很多战士慕DC之名，投靠到DC的旗下。一时间DC的力量无人与其争锋。
但是，比安博士偏执的为了消除国家的界限，开始向各个国家展开侵略行动。各国政府都不敌DC那压倒性的战斗力，纷纷缴械投降。战败的国家，将被划入DC的管理范围，由DC来统治。
第二次机器人大战机体图
第二次机器人大战机体图(20张)
比安那暴力性的征服并没有压垮所有人，他们就是以高达，盖塔，万能侠三大系机器人为主力，白色要塞号战舰为基地的游击队‘白色要塞队’。他们为了抵抗比安的统治，辗转于世界各地战斗。一边拯救被关押的同伴，一边寻找与自己志同道合的战友。在战斗的途中，他们遇见了神秘的机器人塞巴斯塔及其驾驶员安藤正树。塞巴斯塔展现了他有如疾风一般的机动力，而正树则执着的追寻着DC总部一名叫白河愁的神秘青年，他们之间的关系究竟是？
在连战连捷的情况下，白色要塞队的战士们迎来了最大的难关：DC总帅比安博士驾驶着凝结了自己科技的精华，号称‘究极战斗战斗机器人’的瓦尔希昂来亲自挑战。在瓦尔希昂强大的战斗力面前，勇士们费劲全力才与之打为平手。
众人认识到瓦尔希昂的威胁和战斗力的不足，于是换乘了新的强力机体。另外，白色要塞队的战斗目标开始移向宇宙的DC军。通过与哈曼等强敌的交手，终于使宇宙的DC军战斗力瘫痪。而白河愁驾驶的Granzon的强大和诡异，也深深的刻进了众人的心中。
随着DC据点的一个个崩溃，DC逐渐处于劣势。为了乘胜追击彻底打败DC，白色要塞队乘座着新锐旗舰拉—凯拉姆回到地球，等待他们的是更多严酷的战斗：希洛克及强力机动战士基奥的挑战，被DC以CYBORG技术复活的基尔基尔刚的亡灵，以及铁假面率领的DC精锐军团‘终末之日’。在强敌一一倒下后，勇士们终于在DC的总部里重新站立在瓦尔希昂的面前，展开了最后一战。
在敌方倾巢出动的情况下，战士们开始了艰难的战斗。在基地尽头等待他们的，是瓦尔希昂和古兰森。今非昔比，昨日的少年已经成长为今天强大的战士。比安博士最终败于白色要塞队的战士们。在弥留之际，比安博士将保卫地球的和平的重任托付给战士们，方才与瓦尔希昂一同消失在爆炸中。战士们在沉痛当中，也感觉到了自己肩头的责任的重大。